托法替尼最普遍的副作用包含发高烧，流汗或发寒，肌肉疼痛，干咳，呼吸短促，肌肤溫暖或鲜红色或疮，反胃或小解时的烧灼感比一切正常状况大量。约2％的病人接纳了呼吸道感染，头疼，鼻咽炎（鼻子堵和喉咙）和拉肚子。
托法替尼最普遍的比较严重副作用是比较严重感染，最普遍的比较严重感染包含肺部感染、蜂窝组织炎、带状疱疹，泌尿生殖系统感染。在接纳托法替尼医治的类风湿性关节炎病人一书中报导过病菌、分枝杆菌、侵蚀性细菌、病毒感染或别的机遇病原菌造成的比较严重感染，偶有至死性感染。随托法替尼汇报的最普遍比较严重感染包含肺部感染、蜂窝组织炎、带状疱疹、泌尿系统感染和憩室炎。
在机遇性感染中，随托法替尼汇报的有结核病和别的分枝杆菌感染、隐球菌、食管滴虫感染、肺囊虫病、窦汇区肌肤带状疱疹、风疹病毒及其 BK 病毒感染。有一些病人主要表现为播散性感染，并非可逆性病症，而且通常与此同时服食了免疫增强剂，如甲氨蝶呤或皮质激素。也很有可能会产生临床实验中沒有报导的别的比较严重感染（比如，机构胞浆菌病、球孢子菌病 和刘氏链球菌病）。
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