在日本开展的任意、双盲实验、安慰剂对照III期临床研究数据显示，与安慰剂效应组较为，高使用量吡非尼酮组更加容易发生感光反映、食欲不振、头昏和转氨酶升高，且差别具备统计学意义；而小剂量组发生感光反映、皮肤湿疹、腹腔不适感、白细胞降低。
绝大多数不良反应在减药或断药后都能减轻，表明吡非尼酮医治的耐受力优良。CAPACITY科学研究中也确认了这一点。在其中医治组和安慰剂效应组产生比较严重不良反应的总数无统计学差异（各自为33%和31%）。
科学研究中吡非尼酮最普遍的副作用为消化道反映、皮肤疾病和头昏，比较严重水平一般为中重度。吡非尼酮组和安慰剂效应组因为不良反应致断药的发病率各自为15%和9%。
而科学研究中最普遍的断药缘故是IPF病症自身而致（3%）。吡非尼酮而致的断药缘故关键为恶心想吐（1%）和疹子（1%）。
对CAPACITY科学研究开展了拓宽（称之为RECAP科学研究），观查吡非尼酮在科学研究期外的全部医治环节的安全系数。在72周的观查完毕时，病人均值不断应用吡非尼酮時间已达2.9年，在其中114名病人一定量服食吡非尼酮時间已长达三年。
RECAP科学研究結果进一步确认了吡非尼酮的吃药安全系数。其不良反应及其比较严重不良反应的发病率与CAPACITY科学研究結果类似，沒有观查到新的副作用产生。
RECAP科学研究中疹子和感光反映的发病率反倒较CAPACITY科学研究少（20% VS 44%），并且这种反映关键产生在一开始吃药时。
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